O Conselho Deliberativo (CD Icict) é uma instância colegiada do Instituto, composta por representantes de várias áreas. O diretor ou a diretora do Instituto é membro permanente e responsável por convocar e presidir as reuniões.
As competências do Conselho Deliberativo envolvem avaliações e decisões de gestão para o pleno desenvolvimento do Instituto. É o Conselho que delibera sobre a programação de atividades e a proposta orçamentária anual, bem como acompanha sua execução ao longo do período.
O CD Icict também constitui grupos de trabalho, câmaras técnicas e outras comissões para a execução de tarefas específicas. É esta instância que homologa as candidaturas e o resultado das eleições para os cargos de diretor e de chefias dos serviços e dos laboratórios do Instituto, bem como aprecia propostas de reestruturação organizacional.
Além da reunião ordinária, o Conselho Deliberativo também pode se reunir extraordinariamente e, a depender da pauta, pode convidar outros participantes esporádicos.