A Seção de Acesso à Informação realiza o atendimento à comunidade da instituição. Entre os serviços ofertados, destacam-se: empréstimo de livros, cadastro de usuários, comutação bibliográfica, orientação em bases de dados e reprografia. A Seção faz a gestão das mídias sociais e o marketing da biblioteca. Também oferece treinamentos virtuais para pesquisadores e estudantes, bem como aulas de fontes de informação e normalização aos programas de pós-graduação da Fundação.
O processamento técnico da Biblioteca de Manguinhos é responsável desde a etapa da seleção de obras que vão compor o acervo - incluindo os processos de catalogação, indexação, classificação de acordo com a Classificação Decimal de Dewey - até a disponibilização no acervo. Também é responsável pela Biblioteca Virtual em Saúde em Doenças Infecciosas e Parasitárias e pelas comunidades atendidas pela biblioteca no repositório Arca. Elabora também as fichas catalográficas e realiza a atribuição de ISBN.
E a Seção de Obras Raras gerencia o acervo raro da Biblioteca de Manguinhos. A equipe cataloga, indexa e prepara o material para consulta, orientando pesquisas e acompanhando o atendimento ao usuário, realizado mediante agendamento. Segue as normas e padrões internacionais de organização de acervos raros e especiais bem como desenvolve metodologias de análise, preservação e digitalização desses materiais em parceira com outros setores da instituição.